Una manovra chirurgica alternativa utilizzata nei bambini con perforazione intestinale in NEC è il posizionamento di un drenaggio peritoneale. E’ in genere proposto come iniziale metodo di stabilizzazione di questi neonati prima del trattamento chirurgico definitivo.

I bambini che sopravvivono all'episodio acuto di NEC, una certa percentuale svilupperà una stenosi intestinale, sia che siano stati trattati solo con terapia medica o come esito post-chirurgico. La resezione chirurgica della stenosi è di solito necessaria.

Gli esito a lungo termine sono legati alla lunghezza rimanente dell’intestino e alla sua capacità di un adeguato assorbimento dei nutrienti. Il malassorbimento può derivare da una varietà di fattori, tra cui i disturbi della motilità intestinale, il deficit enzimatico, l’anomala della mucosa intestinale, la proliferazione batterica, dalla diminuita lunghezza dell'intestino e della carenza di vitamina B12 secondaria a resezione ileale.

La Sindrome dell'intestino corto è la più grave complicanza della NEC.

Altre complicanze sono correlate alla necessità di mantenere in nutrizione parenterale tali bambini e comprendono la sepsi, la soppressione della risposta immunitaria e la compromissione della funzionalità epatica.

Oltre alle sequele intestinali viene sempre più riconosciuto che la NEC ha un effetto deleterio sullo sviluppo neurologico del bambino che si somma a quello determinato dalla prematurità.

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